BRIANT-netwerk maakt deel uit van Genoomanalyse platform voor SARS-CoV-2

15 april 2021
door Kathleen Vermeulen


Het klinisch labo van ons ziekenhuis samen met de klinische laboratoria van het BRIANT-netwerk maken deel uit van het Belgisch genoomanalyse platform erkend door het RIZIV voor het detecteren van SARS-CoV-2 varianten. Het volledige genoom van het virus, dus alle 30.000 letters van het erfelijk materiaal van SARS-CoV-2, worden hierbij geanalyseerd met behulp van de nieuwste Next Generation Sequencing technologie.

Wanneer een wisser wordt afgenomen voor de detectie van SARS-CoV-2 wordt er via PCR gezocht naar de aan-of afwezigheid van enkele fragmenten die, tot nu toe, kenmerkend zijn voor alle varianten van SARS-CoV-2. Bij een mutatie PCR wordt er gekeken naar veranderingen in het erfelijk materiaal (=mutaties) die typisch zijn voor een bepaalde variant van het virus. Op die manier kunnen ondertussen de meest voorkomende varianten (20I/501Y.V1, “Britse Variant”, 20H/501Y.V2 “Zuid-Afrikaanse” of P1 “Braziliaanse variant”) snel worden vastgesteld. Het is met deze technologie echter niet mogelijk om alle varianten op te volgen of nieuwe varianten te ontdekken. Dit kan enkel door het volledige erfelijke materiaal van het virus te onderzoeken.

De sequentie van de 30.000 letters wordt vergeleken met het oorspronkelijke SARS-CoV-2 virus uit Wuhan. Op die manier kunnen eventuele mutaties worden opgespoord, die mogelijk een invloed hebben op infecteerbaarheid of verminderde vaccinatie respons. De verspreiding van deze klinisch belangrijke varianten kan met deze technologie dan ook opgevolgd worden. Deze informatie  laat ons enerzijds toe om uitbraken te detecteren en te beperken, maar is anderzijds ook zeer belangrijk voor de ontwikkeling van eventuele nieuwe vaccins.

De gevonden genetische codes van de virussen die zo worden onderzocht in het klinisch labo worden gedeeld met laboratoria van over de hele wereld via een online tool (GISAID), waardoor het ontstaan en de verspreiding van varianten wereldwijd kan worden opgevolgd.

Voor de analyse van de genetische code werd de nieuwste technologie inzake sequencing in huis gehaald. Een MinION-toestel van Oxford Nanopore Technologies werd aangekocht en geïmplementeerd voor routine diagnostiek. Dit kleine stukje spitstechnolgie, niet groter dan een smartphone,  verbonden aan een krachtige PC, laat ons toe om van ongeveer 96 stalen per week het genoom van SARS-CoV-2 te bepalen.

De geselecteerde laboratoria dienden aan heel wat voorwaarden te voldoen inzake expertise, kwaliteit en capaciteit.  De labo’s van het BRIANT-netwerk zijn bijgevolg zeer trots om opnieuw hun steentje te kunnen bijdragen aan het opvolgen en bedwingen van deze pandemie met de allernieuwste technologie.